BOOKS - PROGRAMMING - Biopython Tutorial and Cookbook
Biopython Tutorial and Cookbook - Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck 2018 PDF Интернет-издание BOOKS PROGRAMMING
ECO~15 kg CO²

1 TON

Views
16231

Telegram
 
Biopython Tutorial and Cookbook
Author: Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck
Year: 2018
Pages: 344
Format: PDF
File size: 10.5 MB
Language: ENG



Pay with Telegram STARS
The Biopython project was created to provide a set of tools for computational molecular biology and bioinformatics researchers who want to use Python for their work. This tutorial and cookbook provides a comprehensive introduction to the Biopython library and its capabilities. It covers all aspects of molecular biology from sequence analysis to genome assembly and includes examples of how to use Python for each task. The book begins by introducing the reader to the basics of molecular biology and the history of the field, providing context for the tools and techniques presented later in the book. It then delves into the details of the Biopython library, explaining how it can be used for tasks such as sequence alignment, gene finding, and phylogenetic tree construction. The book also includes practical exercises to help readers understand the material and apply it to real-world problems. The book is divided into four parts: Part I: Introduction to Molecular Biology and Biopython, Part II: Sequence Analysis, Part III: Genome Assembly, and Part IV: Advanced Topics. Each part contains several chapters that cover specific topics within that area. The book concludes with a list of resources for further learning and a glossary of terms used throughout the text.
Проект Biopython был создан для предоставления набора инструментов для исследователей вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики, которые хотят использовать Python для своей работы. Этот учебник и кулинарная книга представляют собой исчерпывающее введение в библиотеку Biopython и ее возможности. Он охватывает все аспекты молекулярной биологии от анализа последовательностей до сборки генома и включает примеры того, как использовать Python для каждой задачи. Книга начинается с ознакомления читателя с основами молекулярной биологии и историей области, предоставляя контекст для инструментов и методов, представленных позже в книге. Затем он углубляется в детали библиотеки Biopython, объясняя, как ее можно использовать для таких задач, как выравнивание последовательностей, поиск генов и построение филогенетического дерева. Книга также включает практические упражнения, чтобы помочь читателям понять материал и применить его к реальным проблемам. Книга разделена на четыре части: Часть I: Введение в молекулярную биологию и биопитон, Часть II: Анализ последовательностей, Часть III: Сборка генома и Часть IV: Расширенные темы. Каждая часть содержит несколько глав, которые охватывают определенные темы в этой области. Книга завершается списком ресурсов для дальнейшего изучения и глоссарием терминов, используемых по всему тексту.
projet Biopython a été créé pour fournir un ensemble d'outils aux chercheurs en biologie moléculaire computationnelle et en bioinformatique qui souhaitent utiliser Python pour leurs travaux. Ce tutoriel et ce livre de cuisine sont une introduction exhaustive à la bibliothèque Biopython et à ses possibilités. Il couvre tous les aspects de la biologie moléculaire, de l'analyse des séquences à l'assemblage du génome, et comprend des exemples de la façon d'utiliser Python pour chaque tâche. livre commence par familiariser le lecteur avec les bases de la biologie moléculaire et l'histoire du domaine, en fournissant un contexte pour les outils et les méthodes présentés plus tard dans le livre. Il explore ensuite les détails de la bibliothèque Biopython, expliquant comment il peut être utilisé pour des tâches telles que l'alignement des séquences, la recherche de gènes et la construction d'un arbre phylogénétique. livre comprend également des exercices pratiques pour aider les lecteurs à comprendre le matériel et à l'appliquer aux problèmes réels. livre est divisé en quatre parties : Partie I : Introduction à la biologie moléculaire et à la biopithone, Partie II : Analyse des séquences, Partie III : Assemblage du génome et Partie IV : Thèmes étendus. Chaque partie contient plusieurs chapitres qui couvrent certains sujets dans ce domaine. livre se termine par une liste de ressources à explorer plus avant et un glossaire des termes utilisés dans tout le texte.
proyecto Biopython fue creado para proporcionar un conjunto de herramientas para los investigadores de biología molecular computacional y bioinformática que desean utilizar Python para su trabajo. Este tutorial y libro de cocina es una exhaustiva introducción a la biblioteca de Biopython y sus posibilidades. Abarca todos los aspectos de la biología molecular desde el análisis de secuencias hasta el ensamblaje del genoma e incluye ejemplos de cómo utilizar Python para cada tarea. libro comienza familiarizando al lector con los fundamentos de la biología molecular y la historia del campo, proporcionando un contexto para las herramientas y técnicas presentadas más tarde en el libro. A continuación, profundiza en los detalles de la biblioteca de Biopython, explicando cómo se puede utilizar para tareas como alinear secuencias, buscar genes y construir un árbol filogenético. libro también incluye ejercicios prácticos para ayudar a los lectores a entender el material y aplicarlo a problemas reales. libro se divide en cuatro partes: Parte I: Introducción a la biología molecular y al biopitono, Parte II: Análisis de secuencias, Parte III: Ensamblaje del genoma y Parte IV: Temas avanzados. Cada parte contiene varios capítulos que cubren ciertos temas en esta área. libro se completa con una lista de recursos para profundizar en el estudio y un glosario de los términos utilizados en todo el texto.
O projeto Biopython foi criado para fornecer um conjunto de ferramentas para pesquisadores de biologia molecular computacional e bioinformáticos que desejam usar Python para o seu trabalho. Este livro e livro de culinária são uma introdução abrangente à biblioteca Biopython e suas possibilidades. Ele abrange todos os aspectos da biologia molecular desde a análise de sequências até a montagem do genoma e inclui exemplos de como usar Python para cada tarefa. O livro começa por conhecer os fundamentos da biologia molecular e a história da área, fornecendo o contexto para as ferramentas e técnicas apresentadas mais tarde no livro. Depois, ele se aprofunda em detalhes da biblioteca Biopython, explicando como pode ser usado para tarefas como alinhamento de sequências, busca de genes e construção de madeira filogenética. O livro também inclui exercícios práticos para ajudar os leitores a entender o material e aplicá-lo a problemas reais. O livro é dividido em quatro partes: Parte I: Introdução à biologia molecular e biopitona, Parte II: Análise de sequências, Parte III: Montagem do genoma e Parte IV: Temas Avançados. Cada parte contém vários capítulos que abrangem temas específicos nessa área. O livro é concluído com uma lista de recursos para mais estudos e um glossário de termos usados em todo o texto.
Das Projekt Biopython wurde ins ben gerufen, um Forschern der computergestützten Molekularbiologie und Bioinformatik, die Python für ihre Arbeit nutzen wollen, eine Toolbox zur Verfügung zu stellen. Dieses Tutorial und Kochbuch ist eine umfassende Einführung in die Biopython-Bibliothek und ihre Möglichkeiten. Es deckt alle Aspekte der Molekularbiologie von der Sequenzanalyse bis zum Genomaufbau ab und enthält Beispiele für die Verwendung von Python für jede Aufgabe. Das Buch beginnt damit, den ser mit den Grundlagen der Molekularbiologie und der Geschichte des Feldes vertraut zu machen und bietet einen Kontext für die Werkzeuge und Methoden, die später im Buch vorgestellt werden. Er geht dann auf die Details der Biopython-Bibliothek ein und erklärt, wie sie für Aufgaben wie Sequenzausrichtung, Gensuche und phylogenetische Baumkonstruktion verwendet werden kann. Das Buch enthält auch praktische Übungen, um den sern zu helfen, das Material zu verstehen und es auf reale Probleme anzuwenden. Das Buch ist in vier Teile gegliedert: Teil I: Einführung in die Molekularbiologie und das Biopithon, Teil II: Sequenzanalyse, Teil III: Genomassemblierung und Teil IV: Erweiterte Themen. Jeder Teil enthält mehrere Kapitel, die bestimmte Themen in diesem Bereich abdecken. Das Buch schließt mit einer Liste von Ressourcen zur weiteren Untersuchung und einem Glossar der im gesamten Text verwendeten Begriffe.
Projekt Biopython został stworzony w celu zapewnienia zestawu narzędzi dla obliczeniowej biologii molekularnej i bioinformatyki naukowców, którzy chcą użyć Pythona do swojej pracy. Ten podręcznik i książka kucharska zapewniają kompleksowe wprowadzenie do biblioteki Biopython i jego możliwości. Obejmuje on wszystkie aspekty biologii molekularnej od analizy sekwencji po montaż genomu i zawiera przykłady sposobu korzystania z Pythona dla każdego zadania. Książka rozpoczyna się od wprowadzenia czytelnika do podstaw biologii molekularnej i historii dziedziny, zapewniając kontekst narzędzi i metod przedstawionych później w książce. Następnie zagłębia się w szczegóły biblioteki Biopython, wyjaśniając, jak można ją wykorzystać do zadań takich jak wyrównywanie sekwencji, znajdowanie genów i budowanie drzewa filogenetycznego. Książka zawiera również ćwiczenia praktyczne, aby pomóc czytelnikom zrozumieć materiał i zastosować go do zagadnień świata rzeczywistego. Książka podzielona jest na cztery części: Część I: Wprowadzenie do biologii molekularnej i biopitonu, Część II: Analiza sekwencji, Część III: Montaż genomu oraz Część IV: Tematy zaawansowane. Każda część zawiera kilka rozdziałów, które obejmują konkretne tematy w tej dziedzinie. Książka kończy się listą zasobów do dalszych badań i słownikiem terminów używanych w całym tekście.
פרויקט הביופיתון נוצר כדי לספק ארגז כלים לביולוגיה מולקולרית חישובית וחוקרי ביואינפורמטיקה שרוצים להשתמש בפייתון לעבודתם. ספר לימוד זה וספר בישול מספקים הקדמה מקיפה לספריית ביופיטון וליכולותיה. הוא מכסה את כל ההיבטים של הביולוגיה המולקולרית מניתוח רצף להרכבת גנום וכולל דוגמאות של איך להשתמש בפייתון לכל משימה. הספר מתחיל בכך שהוא מציג בפני הקורא את יסודות הביולוגיה המולקולרית ואת ההיסטוריה של התחום, ומספק הקשר לכלים ולשיטות המוצגים מאוחר יותר בספר. לאחר מכן הוא מתעמק בפרטים של ספריית ביופיטון ומסביר כיצד ניתן להשתמש בה למשימות כגון יישור רצפים, מציאת גנים ובניית עץ פילוגנטי. הספר כולל גם תרגילים מעשיים כדי לעזור לקוראים להבין את החומר וליישם אותו בנושאים של העולם האמיתי. הספר מחולק לארבעה חלקים: Part I: Introduction to Molecular Biology and Biopiton, Part II: Sequence Analysis, Part III: Genome Assembly, and Part IV: Advanced Topics. כל חלק מכיל מספר פרקים המכסים נושאים ספציפיים בתחום זה. הספר מסתיים עם רשימה של משאבים למחקר נוסף ומונחים שונים המשמשים לאורך הטקסט.''
Biopython Projesi, hesaplamalı moleküler biyoloji ve çalışmaları için Python kullanmak isteyen biyoinformatik araştırmacıları için bir araç kutusu sağlamak üzere oluşturuldu. Bu ders kitabı ve yemek kitabı, Biopython kütüphanesine ve yeteneklerine kapsamlı bir giriş sağlar. Dizi analizinden genom montajına kadar moleküler biyolojinin tüm yönlerini kapsar ve her görev için Python'un nasıl kullanılacağına dair örnekler içerir. Kitap, okuyucuya moleküler biyolojinin temellerini ve alanın tarihini tanıtarak, daha sonra kitapta sunulan araçlar ve yöntemler için bağlam sağlayarak başlar. Daha sonra Biopython kütüphanesinin ayrıntılarına girerek, dizileri hizalamak, genleri bulmak ve filogenetik bir ağaç oluşturmak gibi görevler için nasıl kullanılabileceğini açıklar. Kitap ayrıca okuyucuların materyali anlamalarına ve gerçek dünyadaki konulara uygulamalarına yardımcı olacak pratik alıştırmalar içerir. Kitap dört bölüme ayrılmıştır: Bölüm I: Moleküler Biyoloji ve Biyopitona Giriş, Bölüm II: Dizi Analizi, Bölüm III: Genom Montajı ve Bölüm IV: İleri Konular. Her bölüm, bu alandaki belirli konuları kapsayan birkaç bölüm içerir. Kitap, daha fazla çalışma için bir kaynak listesi ve metin boyunca kullanılan terimlerin bir sözlüğü ile sona erer.
تم إنشاء مشروع Biopython لتوفير مجموعة أدوات للباحثين في علم الأحياء الجزيئي الحسابي والمعلوماتية الحيوية الذين يرغبون في استخدام Python لعملهم. يوفر هذا الكتاب المدرسي وكتاب الطبخ مقدمة شاملة لمكتبة Biopython وقدراتها. يغطي جميع جوانب البيولوجيا الجزيئية من تحليل التسلسل إلى تجميع الجينوم ويتضمن أمثلة على كيفية استخدام بايثون لكل مهمة. يبدأ الكتاب بتعريف القارئ بأساسيات علم الأحياء الجزيئي وتاريخ المجال، مما يوفر سياقًا للأدوات والطرق المقدمة لاحقًا في الكتاب. ثم يتعمق في تفاصيل مكتبة Biopython، موضحًا كيف يمكن استخدامها لمهام مثل محاذاة التسلسلات وإيجاد الجينات وبناء شجرة تنشئة. يتضمن الكتاب أيضًا تمارين عملية لمساعدة القراء على فهم المواد وتطبيقها على قضايا العالم الحقيقي. ينقسم الكتاب إلى أربعة أجزاء: الجزء الأول: مقدمة للبيولوجيا الجزيئية والبيوبيتون، الجزء الثاني: تحليل التسلسل، الجزء الثالث: تجميع الجينوم، والجزء الرابع: الموضوعات المتقدمة. ويتضمن كل جزء عدة فصول تتناول مواضيع محددة في هذا المجال. يختتم الكتاب بقائمة من الموارد لمزيد من الدراسة ومسرد للمصطلحات المستخدمة في جميع أنحاء النص.
Biopython 프로젝트는 Python을 작업에 사용하려는 계산 분자 생물학 및 생물 정보학 연구원을위한 도구 상자를 제공하기 위해 만들어졌습니다. 이 교과서와 요리 책은 Biopython 라이브러리와 그 기능에 대한 포괄적 인 소개를 제공합니다. 서열 분석에서 게놈 어셈블리에 이르기까지 분자 생물학의 모든 측면을 다루며 각 작업에 Python을 사용하는 방법의 예를 포함합니다. 이 책은 독자에게 분자 생물학의 기초와 분야의 역사를 소개하여 나중에 책에서 제시된 도구와 방법에 대한 맥락을 제공함으로써 시작됩니다. 그런 다음 Biopython 라이브러리의 세부 사항을 조사하여 서열 정렬, 유전자 찾기 및 계통 발생 트리 구축과 같은 작업에 어떻게 사용될 수 있는지 설명합니다. 이 책에는 독자들이 자료를 이해하고 실제 문제에 적용 할 수 있도록 실용적인 연습도 포함되어 있습니다. 이 책은 파트 I: 분자 생물학 및 바이오 피톤 소개, 파트 II: 시퀀스 분석, 파트 III: 게놈 어셈블리 및 파트 IV: 고급 주제로 나뉩니다. 각 부분에는이 영역의 특정 주제를 다루는 여러 장이 있습니다. 이 책은 추가 연구를위한 자료 목록과 텍스트 전체에 사용되는 용어집으로 마무리됩니다.
バイオピソンプロジェクトは、計算分子生物学とバイオインフォマティクス研究者のためのツールボックスを提供するために作成されました。この教科書と料理本は、Biopythonライブラリとその機能の包括的な紹介を提供します。これは、配列解析からゲノム組立までの分子生物学のあらゆる側面をカバーし、各タスクにPythonを使用する方法の例を含みます。この本は、分子生物学の基礎とその分野の歴史を読者に紹介することから始まり、本の後半で提示されたツールと方法の文脈を提供します。その後、Biopythonライブラリの詳細を詳しく調べ、配列の整列、遺伝子の発見、系統樹の構築などのタスクにどのように使用できるかを説明します。本には、読者が資料を理解し、現実世界の問題に適用するのを助けるための実践的な演習も含まれています。第1部:分子生物学とバイオピトンの入門、第2部:配列解析、第3部:ゲノムアセンブリ、第4部:アドバンストトピックの4つに分かれています。各パートには、この分野の特定のトピックをカバーするいくつかの章が含まれています。この本は、さらなる研究のためのリソースのリストと、テキスト全体で使用される用語の用語集で終わります。
Biopython項目的創建是為了為希望使用Python進行工作的計算分子生物學和生物信息學研究人員提供一套工具。這本教科書和食譜對Biopython圖書館及其功能進行了詳盡的介紹。它涵蓋了分子生物學的各個方面,從序列分析到基因組組裝,並包括如何將Python用於每個任務的示例。該書首先向讀者介紹分子生物學的基礎知識以及該領域的歷史,為書後來的工具和方法提供了背景。然後,他深入研究了Biopython庫的詳細信息,解釋了如何將其用於諸如序列對齊,基因搜索和系統發育樹構建之類的任務。該書還包括實際練習,以幫助讀者了解材料並將其應用於實際問題。該書分為四個部分:第一部分:分子生物學和生物素的介紹,第二部分:序列分析,第三部分:基因組組裝和第四部分:擴展主題。每個部分包含幾個章節,涵蓋了該領域的某些主題。該書最後列出了供進一步研究的資源清單,並列出了整個文本中使用的術語。

You may also be interested in:

Biopython Tutorial and Cookbook
The Tutorial Meatless Cookbook with More Than 200 of the Very Best Vegetarian Recipes
TensorFlow Absolute For Beginners Tutorial A Basics Beginner|s Tutorial Guide
TensorFlow Absolute For Beginners Tutorial: A Basics Beginner|s Tutorial Guide
TensorFlow Absolute For Beginners Tutorial A Basics Beginner|s Tutorial Guide
Basic Macros Excel tutorial: Basic Macros Excel tutorial by examples. Learn how to automate Excel with our ready made Macros and VBA code
Accion tutorial
The Java – Tutorial
A Tutorial on Python for Finance
A Tutorial on Python for Finance
The Computer Music Tutorial
A Tutorial on Python for Finance
Tutorial sobre o metasequoia
Hell Difficulty Tutorial 2 (Hell Difficulty Tutorial #2)
The Computer Music Tutorial
Color Pencil Tutorial
Watercolor Painting Tutorial
Romantic Watercolor Tutorial
C Programming in Linux Tutorial
Smoker Cookbook The Ultimate Cookbook for Smoking Meat Complete Cookbook for Smoked Meat Lovers
Sketching Tutorial Beautiful Landscapes
The Temptation Tutorial (Romantic Revelations #4)
MATLAB Part A Basic Tutorial
Anti-Traditional Sketching Tutorial
Hands-on Python Tutorial, Release 2.0
Swarm Intelligence Algorithms A Tutorial
Java Tutorial (Web Services)
Regular Expressions The Complete Tutorial
Anti-Traditional Sketching Tutorial
Tutorial Guide to AutoCAD 2020
The Modern javascript Tutorial
Happy Learn Haskell Tutorial Volume 1
Entity Framework Tutorial, 2nd edition
Sketching Tutorial Pure Beauty Characters
The Computer Music Tutorial, 2nd Edition
AutoCAD 2020 A Project-Based Tutorial
Test-Driven Development Extensive Tutorial
Autodesk Inventor 2019 Basics Tutorial
Medical Image Reconstruction: A Conceptual Tutorial
Python for data analysis Tutorial for beginners