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Data Analysis for the Life Sciences - Rafael A. Irizarry, Michael I. Love 2021-03-17 PDF Leanpub BOOKS OS AND DB
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Data Analysis for the Life Sciences
Author: Rafael A. Irizarry, Michael I. Love
Year: 2021-03-17
Pages: 511
Format: PDF
File size: 10.6 MB
Language: ENG



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Data Analysis for the Life Sciences In the life sciences, data analysis has become an integral part of every research project, enabling scientists to uncover new insights and discoveries that were previously unimaginable. One of the most significant drivers of this technological evolution is genomics, which has been revolutionized by new measurement technologies that allow us to observe molecular entities for the first time. These observations have led to breakthroughs analogous to identifying microorganisms and other groundbreaking discoveries made possible by the invention of the microscope. At the core of this book is the need to develop a personal paradigm for understanding the technological process of developing modern knowledge, as the basis for humanity's survival and the unity of warring states. We explore several statistical concepts and data analytic skills required to succeed in datadriven life science research, from basic computing pvalues to advanced topics such as analyzing high-throughput data. Our approach focuses on using a computer to perform data analysis, rather than explaining mathematical theories and examples. Throughout the book, we use visualization techniques in the statistical computer language R to explore new data sets. For instance, we learn when to apply robust statistical techniques and how to use these tools to analyze large datasets. By running the code yourself, you will gain a better intuition for the concepts, mathematics, and theory.
Анализ данных для наук о жизни В науках о жизни анализ данных стал неотъемлемой частью каждого исследовательского проекта, позволяя ученым раскрывать новые идеи и открытия, которые ранее были невообразимыми. Одним из наиболее значительных драйверов этой технологической эволюции является геномика, которая была революционизирована новыми технологиями измерения, которые позволяют нам впервые наблюдать молекулярные сущности. Эти наблюдения привели к прорывам, аналогичным идентификации микроорганизмов, и другим новаторским открытиям, которые стали возможны благодаря изобретению микроскопа. В основе этой книги лежит необходимость выработки личностной парадигмы понимания технологического процесса развития современного знания, как основы выживания человечества и единства враждующих государств. Мы исследуем несколько статистических концепций и навыков анализа данных, необходимых для успеха в исследованиях в области биологических наук, управляемых данными, от базовых вычислительных значений p до сложных тем, таких как анализ данных с высокой пропускной способностью. Наш подход фокусируется на использовании компьютера для анализа данных, а не на объяснении математических теорий и примеров. На протяжении всей книги мы используем методы визуализации на статистическом компьютерном языке R для изучения новых наборов данных. Например, мы узнаем, когда применять надежные статистические методы и как использовать эти инструменты для анализа больших наборов данных. Запустив код самостоятельно, вы получите лучшую интуицию по понятиям, математике и теории.
Analyse de données pour les sciences de la vie Dans les sciences de la vie, l'analyse de données est devenue une partie intégrante de chaque projet de recherche, permettant aux scientifiques de révéler de nouvelles idées et découvertes qui étaient auparavant inimaginables. L'un des moteurs les plus importants de cette évolution technologique est la génomique, qui a été révolutionnée par les nouvelles technologies de mesure qui nous permettent d'observer pour la première fois les entités moléculaires. Ces observations ont conduit à des percées similaires à l'identification des microorganismes et à d'autres découvertes novatrices rendues possibles par l'invention du microscope. Ce livre se fonde sur la nécessité d'élaborer un paradigme personnel pour comprendre le processus technologique de développement du savoir moderne, en tant que fondement de la survie de l'humanité et de l'unité des États belligérants. Nous explorons plusieurs concepts statistiques et compétences en analyse de données nécessaires au succès de la recherche en sciences biologiques dirigées par les données, des valeurs de calcul de base p aux sujets complexes tels que l'analyse de données à haut débit. Notre approche se concentre sur l'utilisation de l'ordinateur pour l'analyse des données plutôt que sur l'explication des théories mathématiques et des exemples. Tout au long du livre, nous utilisons des techniques de visualisation en langage informatique statistique R pour étudier de nouveaux ensembles de données. Par exemple, nous apprendrons quand appliquer des méthodes statistiques fiables et comment utiliser ces outils pour analyser de grands ensembles de données. En exécutant le code vous-même, vous obtiendrez la meilleure intuition sur les concepts, les mathématiques et la théorie.
Análisis de datos para las ciencias de la vida En las ciencias de la vida, el análisis de datos se ha convertido en una parte integral de cada proyecto de investigación, lo que permite a los científicos descubrir nuevas ideas y descubrimientos que antes eran inimaginables. Uno de los motores más significativos de esta evolución tecnológica es la genómica, que ha sido revolucionada por las nuevas tecnologías de medición que permiten observar por primera vez entidades moleculares. Estas observaciones han dado lugar a avances similares a la identificación de microorganismos y otros descubrimientos innovadores que han sido posibles gracias a la invención del microscopio. Este libro se basa en la necesidad de desarrollar un paradigma personal para comprender el proceso tecnológico del desarrollo del conocimiento moderno, como base para la supervivencia de la humanidad y la unidad de los Estados en guerra. Investigamos varios conceptos estadísticos y habilidades de análisis de datos necesarios para tener éxito en la investigación en ciencias biológicas impulsada por datos, desde valores computacionales básicos de p hasta temas complejos como el análisis de datos de alto ancho de banda. Nuestro enfoque se centra en usar una computadora para analizar datos, no en explicar teorías matemáticas y ejemplos. A lo largo del libro utilizamos técnicas de visualización en lenguaje informático estadístico R para estudiar nuevos conjuntos de datos. Por ejemplo, aprenderemos cuándo aplicar métodos estadísticos confiables y cómo utilizar estas herramientas para analizar grandes conjuntos de datos. Al ejecutar el código por su cuenta, obtendrá la mejor intuición en conceptos, matemáticas y teoría.
Análise de dados para Ciências da Vida Em Ciências da Vida, a análise de dados tornou-se parte integrante de cada projeto de pesquisa, permitindo aos cientistas revelar novas ideias e descobertas que antes eram inimagináveis. Um dos motores mais importantes desta evolução tecnológica é a genômica, que foi revolucionada pelas novas tecnologias de medição que nos permitem observar pela primeira vez as entidades moleculares. Estas observações resultaram em avanços semelhantes à identificação de micro-organismos e outras descobertas inovadoras que foram possíveis pela invenção do microscópio. Este livro baseia-se na necessidade de criar um paradigma pessoal para compreender o processo tecnológico de desenvolvimento do conhecimento moderno, como base da sobrevivência da humanidade e da unidade dos estados rivais. Nós pesquisamos vários conceitos estatísticos e habilidades de análise de dados necessários para o sucesso de pesquisas sobre ciências biológicas geridas por dados, desde valores computacionais básicos p a temas complexos, como análise de dados de alta largura de banda. Nossa abordagem se concentra em usar o computador para analisar dados, em vez de explicar teorias matemáticas e exemplos. Ao longo do livro, usamos técnicas de visualização em linguagem estatística de computador R para aprender novos conjuntos de dados. Por exemplo, aprendemos quando usar métodos estatísticos confiáveis e como usar essas ferramentas para analisar grandes conjuntos de dados. Ao lançar o código por si só, você terá uma melhor intuição sobre conceitos, matemática e teoria.
L'analisi dei dati per le scienze della vita L'analisi dei dati nelle scienze della vita è diventata parte integrante di ogni progetto di ricerca, permettendo agli scienziati di rivelare nuove idee e scoperte che prima erano inimmaginabili. Uno dei driver più importanti di questa evoluzione tecnologica è la genomica, che è stata rivoluzionata dalle nuove tecnologie di misurazione che ci permettono di osservare per la prima volta le entità molecolari. Queste osservazioni hanno portato a progressi simili all'identificazione dei microrganismi e ad altre scoperte innovative che sono state rese possibili dall'invenzione del microscopio. Alla base di questo libro c'è la necessità di sviluppare un paradigma personale per comprendere il processo tecnologico di sviluppo della conoscenza moderna, come base della sopravvivenza dell'umanità e dell'unità degli stati in conflitto. Stiamo esplorando diversi concetti statistici e le competenze di analisi dei dati necessarie per il successo della ricerca sulle scienze biologiche gestite dai dati, dai valori di base p ai temi complessi, come l'analisi dei dati ad alta larghezza di banda. Il nostro approccio si concentra sull'uso del computer per analizzare i dati piuttosto che sulla spiegazione delle teorie matematiche e degli esempi. Per tutta la durata del libro, usiamo i metodi di visualizzazione nel linguaggio statistico del computer R per studiare nuovi dataset. Ad esempio, scopriremo quando utilizzare metodi statistici affidabili e come utilizzare questi strumenti per analizzare set di dati di grandi dimensioni. Facendo partire il codice da solo, otterrete una migliore intuizione su concetti, matematica e teoria.
Datenanalyse für Life Sciences In den Life Sciences ist die Datenanalyse zu einem integralen Bestandteil jedes Forschungsprojekts geworden und ermöglicht es Wissenschaftlern, neue Erkenntnisse und Entdeckungen zu entdecken, die bisher unvorstellbar waren. Einer der wichtigsten Treiber dieser technologischen Evolution ist die Genomik, die durch neue Messtechnologien revolutioniert wurde, die es uns ermöglichen, molekulare Entitäten zum ersten Mal zu beobachten. Diese Beobachtungen führten zu Durchbrüchen ähnlich der Identifizierung von Mikroorganismen und anderen bahnbrechenden Entdeckungen, die durch die Erfindung des Mikroskops ermöglicht wurden. Im Mittelpunkt dieses Buches steht die Notwendigkeit, ein persönliches Paradigma für das Verständnis des technologischen Prozesses der Entwicklung des modernen Wissens als Grundlage für das Überleben der Menschheit und die Einheit der verfeindeten Staaten zu entwickeln. Wir untersuchen mehrere statistische Konzepte und Datenanalysefähigkeiten, die für den Erfolg in der datengetriebenen biowissenschaftlichen Forschung erforderlich sind, von grundlegenden Rechenwerten p bis hin zu komplexen Themen wie der Datenanalyse mit hohem Durchsatz. Unser Ansatz konzentriert sich auf die Verwendung eines Computers zur Datenanalyse, anstatt mathematische Theorien und Beispiele zu erklären. Während des gesamten Buches verwenden wir Visualisierungstechniken in der statistischen Computersprache R, um neue Datensätze zu untersuchen. Zum Beispiel lernen wir, wann wir zuverlässige statistische Methoden anwenden und wie wir diese Werkzeuge verwenden, um große Datensätze zu analysieren. Wenn e den Code selbst ausführen, erhalten e eine bessere Intuition in Bezug auf Konzepte, Mathematik und Theorie.
Analiza danych dla nauk przyrodniczych W naukach przyrodniczych analiza danych stała się integralną częścią każdego projektu badawczego, pozwalając naukowcom odkryć nowe spostrzeżenia i odkrycia, które wcześniej były niewyobrażalne. Jednym z najważniejszych czynników tej ewolucji technologicznej jest genomika, która została zrewolucjonizowana nowymi technologiami pomiarowymi, które pozwalają obserwować po raz pierwszy jednostki molekularne. Obserwacje te doprowadziły do przełomów podobnych do identyfikacji mikroorganizmów i innych pionierskich odkryć możliwych dzięki wynalezieniu mikroskopu. Książka ta opiera się na potrzebie opracowania osobistego paradygmatu dla zrozumienia technologicznego procesu rozwoju nowoczesnej wiedzy jako podstawy przetrwania ludzkości i jedności walczących państw. Badamy kilka koncepcji statystycznych i umiejętności analizy danych niezbędnych do osiągnięcia sukcesu w badaniach nad naukami przyrodniczymi opartymi na danych, począwszy od podstawowych wartości obliczeniowych p po złożone tematy, takie jak analiza danych o wysokiej przepustowości. Nasze podejście koncentruje się na wykorzystaniu komputera do analizy danych, a nie na wyjaśnianiu teorii i przykładów matematycznych. W całej książce używamy statystycznego języka komputerowego technik obrazowania R do badania nowych zbiorów danych. Na przykład, dowiemy się, kiedy stosować solidne metody statystyczne i jak korzystać z tych narzędzi do analizy dużych zbiorów danych. Samodzielnie uruchamiając kod, otrzymasz najlepszą intuicję dla pojęć, matematyki i teorii.
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Yaşam Bilimleri için Veri Analizi Yaşam bilimlerinde veri analizi, her araştırma projesinin ayrılmaz bir parçası haline geldi ve bilim insanlarının daha önce hayal bile edilemeyen yeni anlayışları ve keşifleri ortaya çıkarmasına izin verdi. Bu teknolojik evrimin en önemli itici güçlerinden biri, moleküler varlıkları ilk kez gözlemlememize izin veren yeni ölçüm teknolojileriyle devrim yaratan genomiktir. Bu gözlemler, mikroskobun icadıyla mümkün olan mikroorganizmaların ve diğer öncü keşiflerin tanımlanmasına benzer atılımlara yol açtı. Bu kitap, insanlığın hayatta kalmasının ve savaşan devletlerin birliğinin temeli olarak modern bilginin gelişiminin teknolojik sürecini anlamak için kişisel bir paradigma geliştirme ihtiyacına dayanmaktadır. Temel hesaplama p değerlerinden yüksek verimli veri analizi gibi karmaşık konulara kadar, veri odaklı yaşam bilimleri araştırmalarında başarı için gerekli olan çeşitli istatistiksel kavramları ve veri analizi becerilerini araştırıyoruz. Yaklaşımımız, matematiksel teorileri ve örnekleri açıklamak yerine verileri analiz etmek için bir bilgisayar kullanmaya odaklanmaktadır. Kitap boyunca, yeni veri kümelerini incelemek için istatistiksel bilgisayar dili R görüntüleme tekniklerini kullanıyoruz. Örneğin, sağlam istatistiksel yöntemlerin ne zaman uygulanacağını ve büyük veri kümelerini analiz etmek için bu araçların nasıl kullanılacağını öğreneceğiz. Kodu kendiniz çalıştırarak, kavramlar, matematik ve teori için en iyi sezgiyi elde edersiniz.
تحليل البيانات لعلوم الحياة في علوم الحياة، أصبح تحليل البيانات جزءًا لا يتجزأ من كل مشروع بحثي، مما سمح للعلماء بالكشف عن رؤى واكتشافات جديدة لم يكن من الممكن تصورها في السابق. أحد أهم محركات هذا التطور التكنولوجي هو علم الجينوم، الذي أحدث ثورة في تقنيات القياس الجديدة التي تسمح لنا بمراقبة الكيانات الجزيئية لأول مرة. أدت هذه الملاحظات إلى اختراقات مماثلة لتحديد الكائنات الحية الدقيقة والاكتشافات الرائدة الأخرى التي أتاحها اختراع المجهر. يستند هذا الكتاب إلى الحاجة إلى تطوير نموذج شخصي لفهم العملية التكنولوجية لتطوير المعرفة الحديثة كأساس لبقاء البشرية ووحدة الدول المتحاربة. نستكشف العديد من المفاهيم الإحصائية ومهارات تحليل البيانات المطلوبة للنجاح في أبحاث علوم الحياة القائمة على البيانات، والتي تتراوح من قيم p الحاسوبية الأساسية إلى الموضوعات المعقدة مثل تحليل البيانات عالي الإنتاجية. يركز نهجنا على استخدام الكمبيوتر لتحليل البيانات بدلاً من شرح النظريات والأمثلة الرياضية. في جميع أنحاء الكتاب، نستخدم تقنيات التصوير R بلغة الكمبيوتر الإحصائية لفحص مجموعات البيانات الجديدة. على سبيل المثال، سوف نتعلم متى نطبق أساليب إحصائية قوية وكيفية استخدام هذه الأدوات لتحليل مجموعات البيانات الكبيرة. من خلال تشغيل الكود بنفسك، ستحصل على أفضل حدس للمفاهيم والرياضيات والنظرية.

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